Guillermo Malpica se desempeñó como representante Comercial de la Secretaría de Economía en la Embajada de México en Washington, D.C., de octubre de 2017 a junio de 2019.
En este cargo, dirigió desde Estados Unidos junto con "el cuarto de al lado" los esfuerzos de cabildeo, apoyo a las negociaciones y la defensa de los intereses de México en materia comercial. También participó en la negociación del Tratado entre México, Estados Unidos y Canadá (T-MEC) como jefe negociador de los temas de servicios, inversión, energía y movilidad temporal.
Anteriormente, fue director general de Comercio Internacional de Servicios e Inversión de la Secretaría de Economía de 2008 a 2017, consejero en la Misión Permanente de México ante la Organización Mundial del Comercio en Ginebra en 2007-2008 y responsable de Asuntos Económicos en la Representación de la Secretaría de Economía en Ottawa, Canadá en 2006-2007.
Desde esas distintas posiciones, participó en la formulación de la posición de México en diferentes foros y como negociador en todos los Tratados de Libre Comercio en los que México participó: la OMC, la OCDE, la ALADI, APEC, las negociaciones de TISA, de Alianza del Pacífico y la modernización del TLCUEM y el TPP, después TIPAT, por mencionar los más relevantes.
También dirigió la negociación de acuerdos bilaterales de inversión (Acuerdos para la Promoción y Protección Recíproca de Inversiones) de México con Singapur, Kuwait, los Emiratos Árabes Unidos, Turquía, Haití, Arabia Saudita, Qatar y Ucrania.
Como parte de sus responsabilidades como negociador de México en comercio de servicios e inversión, ha participado como ponente en conferencias y seminarios en los Estados Unidos, Europa y América. Es autor de varios artículos en México y Estados Unidos, así como de varias colaboraciones en libros en México, Estados Unidos y Suiza.
Es miembro del Instituto Mexicano de Ejecutivos de Comercio Exterior (IMECE) e integrante de la lista de expertos de México ante la OMC para los temas de comercio de servicios e inversión.